Los jesuitas se establecieron en Cuba a principios del siglo XXVIII en el Colegio San José. Lo que hoy es la Catedral de La Habana, inició en aquellos tiempos como Capilla de este Colegio. Unas décadas después, en 1767, fueron expulsados de Cuba y de todos los territorios españoles.
Pasaron casi cien años hasta que los jesuitas regresaron a la isla, para establecerse en el antiguo convento de los religiosos Bethlemitas, un colegio que hasta el día de hoy se conoce como el Colegio Belén, que pronto sería conocido por su observatorio meteorológico. En 1875 uno de los profesores del Colegio Belén, el P. Benet Viñes, descubrió las leyes de la formación y del traslado de los ciclones en el Caribe. Este descubrimiento ha sido de gran importancia para todo el mundo caribeño, y le ganó el sobrenombre de “Padre Huracán”.
A mediados del siglo XX encontramos a los jesuitas en el Colegio Dolores en Santiago de Cuba. También en Camagüey, Cienfuegos, Sagua la Grande y La Habana. En Centro Habana fue construida la Iglesia del Sagrado Corazón de Jesús y San Ignacio de Loyola (Iglesia de Reina), el Colegio Belén se trasladó a nuevas instalaciones, cerca de la escalinata de la Universidad de La Habana tenía su sede la Agrupación Católica Universitaria (ACU), y en las afueras de La Habana, en la altura de El Calvario, se encontraba el Noviciado de los jesuitas para las Antillas.
Después de la Revolución Cubana en 1959, los jesuitas tuvieron que reorganizar todo su apostolado. Los centros educativos fueron confiscados, el Colegio Belén se convirtió en Academia Militar, la ACU en parte de la Universidad y el noviciado en Estado Mayor del Ejército. De los más de 120 sacerdotes jesuitas, quedaron solo 31, pero la presencia continuó, y hoy se sirve a la Iglesia y al pueblo cubano a lo largo de toda la isla a través de las parroquias y de la red de Centros Loyola. Adicionalmente, los jesuitas sostienen la hoja dominical católica Vida Cristiana, única publicación que llega a todo el país. Paralelamente, colaboran en el Seminario Mayor, están presentes en varias casas de retiro y acompañan la Pastoral Juvenil Ignaciana.
